يجب أولا معرفة أن لون البحر الأزرق لاعلاقة له بإنعكاس لون السماء على سطحه، والدليل على ذلك أن المتخصصيين في سبر واكتشاف الأغوار يجدون كذلك لون المياه المخزنة في جوف الأرض أزرق، كما إننا إذا غطسنا كذلك على عمق كبير في البحر، فإننا لن نرى ضوء الشمس وفي نفس الوقت ستكون المياه كذلك زرقاء ولكن هذا يحدث فقط إذا ما حملنا مصدراً للضوء.
وبدون مصدر الضوء سندرك أن مياه البحر ليست على هذا القدر من الشفافية، وذلك لأن في هذا العمق لا يصل تقريبا أي ضوء للشمس، فالظلام يكون دامساً كاملا بالفعل إبتداءا من عمق 50 متر تحت سطح البحر، ولكن هذا يعتمد كذلك على البحر الذي نقوم بالغطس فيه.
يتعلق الرد على السؤال "لماذا يكون لون البحر أزرق؟" بجزيئات الماء نفسها فهي تمتص جزءاً من الضوء المنعكس من الشمس. ولكن لا تتساوى عملية الامتصاص تلك وفقا لطول الموجات، فجزيئات الماء تمتص على وجه الخصوص الموجات الخاصة باللون الحمر والبرتقالي، فإذا ما طرحنا هذان اللونان من مكونات الضوء الأبيض المنعكس لن يبقى إذا سوى الأزرق عامة.
وبذلك تبعث لنا مياه البحر بضوء أحمر شاحب وضوء أزرق قوي، وهو ما نراه، فكلما كان عدد الجزيئات الماصة أكبر كلما كان اللون الأزرق قوياً، ولذلك إذا كانت كثافة الماء قليلة كان الماء شفافاً مثل الماء الذي يوجد بكوب الماء مثلا، ولكنها تصبح أكثر زرقة و أكثر تعتيما عندما تزداد كثافتها